O Farol do Mucuripe tem um passado importante no período da colonização. Segundo historiadores, foi na Ponta do Mucuripe que o espanhol Vicente Pizon aportou em 1500, antes da chegada de Pedro Alvares Cabral. A sua história está profundamente relacionada com a do estado. Ruínas de um antigo forte com quase 200 anos foram descobertas atrás do farol, na década de 80. Acredita-se que que as ruínas pertencem ao Forte de São Luiz, construído em 1801, sendo considerado por historiadores, como a segunda mais antiga construção do Ceará.
Em 1846, o forte foi danificado por um incêndio, passando por reformas em 1872. Em 1957, o forte foi desativado. Foi novamente recuperado no início da década de 80, sendo tombado pelo estado, fazendo parte do patrimônio da Emcetur.
O farol foi inaugurado como museu, com um acervo com diversas peças de artes, como fotografias, desenhos, documentos, ilustrações, entre outros, que retratam a a formação urbana e arquitetônica de Fortaleza, além da história da cidade. O espaço foi adaptado. A cobertura do forte serve como mirante, que tem como acesso uma grande escada, com 90 degraus, que leva ao topo do farol. O acesso ao farol também foi melhorado. Infelizmente, suas atividades estão paralisadas.
Atualmente, o Farol do Mucuripe está sob responsabilidade da Capitania dos Portos.